Als Selbstläufer bezeichnet man einen Agenten, der den vermeintlichen Willen seines Dienstes auf eigene Faust und ohne Befehl durchzusetzen versucht.

Als Selbstläufer bezeichnet man aber auch Operationsaufträge, deren Realisierung alle möglichen unangemessenen Konsequenzen und Anschlussoperationen nachziehen.

In der militärischen Kommandostruktur unterscheidet man zwischen Befehl und Auftrag. Während der Befehl meist keine Interpretationsspielräume zulässt, wird dem Befehlsempfänger beim Auftrag  lediglich das Ziel genannt und die Art und Mittel der Durchführung ihm überlassen. Geheimdiensten bleibt außerhalb von engen Kommandounternehmungen oft nur das Mittel des Auftrages.

Für das inländische Militär, die Polizei oder Feuerwehr, aber auch einen inländischen Geheimdienst muss ein Auftrag im Rahmen der geltenden Gesetze ausgeführt werden. Für einen auf feindlichem Territorium operierenden Agenten sind derartige Regeln unter die Illegalität seiner Agententätigkeit zu subsumieren. Da auf Agententätigkeit für eine fremde Macht die meisten Staaten mit verhältnismäßig hohen Strafen reagieren, wird der Agent bei der Wahl seiner Mittel sich nicht an die Strafgesetze des Staates halten, in dem er operiert. Allerdings wird der kommandierende Dienst eine gewisse Verhältnismäßigkeit bei der Wahl der Mittel voraussetzen. Geschieht dies nicht auf Grund moralisch ethischer Überlegungen, geschieht es auf Grund taktisch/operativer Grundsätze. Wer als Agent über »Leichen« geht, ruft eine Vielzahl von Ermittlern und Spezialisten auf den Plan. Derartiges gilt es zu vermeiden. So wird er beispielsweise Verkehrsregeln genau befolgen, um nicht plötzlich in eine Polizeikontrolle zu geraten.

Glaubt also z. B. ein Geheimdienst, irgendwelchen Friedens- oder Umweltaktivisten mit den Mitteln der Sabotage (z. B. der Versenkung des Schiffs dieser Organisation) beizukommen, so unterliegt bereits die Operationsplanung einem verhängnisvollen Selbstläufer-Mechanismus.

Da die Größe der Operation bereits eine latente Gefahr für Menschenleben birgt, wird der entsprechende Auftrag potentielle Kollateralschäden bereits negieren. Wie es 1985 in Neuseeland dann tatsächlich geschah, verunglücken derartige Operationen, weil die beauftragten Agenten aus ihrer Perspektive heraus überhaupt keine Chance zur Verhältnismäßigkeit haben.

Das Ergebnis ist katastrophal und tragisch. Unschuldige Zivilisten sind tot oder verletzt, der Staat, auf dessen Territorium die Operation stattfand, wehrt sich lautstark, die Politik kommt in Zugzwang, der Geheimdienst verliert an Ansehen und Reputation, die Agenten werden verurteilt und die Organisation, der die Operation galt, hat einen immensen Popularitätsgewinn.

Intelligente Operationsplanung berücksichtig in den entsprechenden Befehlen und Aufträgen die Möglichkeiten des Selbstlaufes und weiß, dass dadurch die gesamte Zielsetzung gefährdet ist, wenn nicht sogar ins Gegenteil verkehrt wird.

Wie am Beispiel des → Schläfers erklärt, ist es die Kunst der Geheimdienstführung, ihre Agenten so etwas wie eine die virtuelle Nabelschnur spüren zu lassen. Jeder Agent muss sich bewusst sein, dass er lediglich ein Teil eines größeren Plans ist, den er auf keinen Fall überblicken kann, noch verantworten muss. Ob Eigenmächtigkeiten auf Grund von Patriotismus, Überheblichkeit, Rache oder anderen Erwägungen heraus entstehen, ist einerlei, stets birgt der Selbstlauf eine hohe Gefahr der Kontraproduktivität.